1895 yılında İstanbul’da doğdu. Haydarpaşa’daki Askeri Veteriner Okulu’ndan 1920 yılında mezun olarak veteriner-hekim üsteğmen rütbesiyle orduya katıldı. Kurtuluş Savaşı’nda Serum ve Aşı Enstitüsü’nde görev yaptı. 1924 yılında eğitimini sürdürmesi için Almanya’ya gönderildi. Bakteriyoloji, viroloji ve bulaşıcı hastalıklar ihtisasının ardından Berlin Yüksek Veteriner Okulu’nda doktorasını tamamladı. Türkiye’ye döndükten sonra Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesindeki çeşitli kurumlarda ve Ziraat Fakültesi’nde görev yapan Aygun 1944 yılında ordinaryüs unvanını aldı. 1954 yılında Fulbright bursuyla gittiği Ohio State University’de araştırmalarını sürdürdü. Türkiye’de kök hücre kavramını ilk kez dile getiren ve bu alanda ilk uygulamaları yapan bilim insanıdır. İstiklal Madalyası sahibidir.